Eine Grundstücksgemeinschaft nahm den Vorsteuerabzug entsprechend der damals gültigen Rechtslage nach dem Umsatzschlüssel vor. Später änderten sich die Nutzungsverhältnisse des Gebäudes, so dass eine Vorsteuer­be­richti­gung nach § 15a Abs. 1 UStG vorzunehmen war. Das Finanz­amt nahm eine Vorsteuerberichtigung vor, wendete allerdings zum Nach­teil den Flächen­schlüssel nach § 15 Abs. 4 Satz 3 UStG an, welcher nun­mehr seit 1.1.2004 gilt.

Der EuGH² beantwortet die erste Frage dahingehend, dass die Mitgliedsstaaten grundsätzlich vorsehen müssen, dass in einer ersten Phase (erster Prüfungs­schritt) der Umfang des Vorsteuer­abzugs für die Gegenstände und Dienst­leistungen von der konkreten steuerpflichtigen Ver­wen­dung ab­hängt. Dies sei in Bezug auf die Nutzung, Erhaltung und Unterhaltung (also die laufenden Aufwendungen) leicht möglich (Rn. 26 - 30).

Sollte eine derartige Zuordnung sich als zu komplex und somit schwer durch­führ­bar erweisen, seien in der zweiten Phase die Vorsteuerbeträge ins­ge­samt aufzuteilen (Rn. 31 - 35; Eintopf­theorie). Dabei gelte grundsätzlich, dass die Vorsteueraufteilung anhand des Umsatzschlüssels zu erfolgen habe, es sei denn eine andere Methode, beispielsweise der Flächenschlüssel, er­weise sich als präziser³.

Die zweite Frage beantwortet der EuGH dahingehend, dass der von der Richt­linie geforderte Be­richtigungs­mechanis­mus verlangt, dass auch eine Än­de­rung der Berechnungs­methode zur Be­richtigung der Vorsteuerabzüge führt, wenn sie ein präziseres Ergebnis gewährleistet. Dem­ent­sprechend sei eine Berichtigung auch für die Vergangenheit vor­zu­nehmen (Rn. 38, 43, 47).

Hinsichtlich der dritten Frage hat der EuGH keine Bedenken hin­sichtlich eines etwaigen Verstoßes gegen die Rechts­sicherheit und den Vertrauens­schutz hinsichtlich einer Berichtigung nach § 15a Abs. 1 UStG (Rn. 65). Schließlich bewirke eine Änderung der Berechnungsmethode keine Auf­­hebung des Rechts auf Vorsteuerabzug. Es sei auch nicht erforderlich, dass der Steuer­pflichtige wirtschaft­liche An­passungen vornehmen müsse.

Zwischenzeitlich hat der BFH in einem Folgeurteil entschieden⁴, dass die Aufteilung der Vorsteuer grundsätzlich nach dem Flächen­schlüssel zu erfolgen habe. Dies sei auch bei Vorsteuer­be­­richti­­gungen nach § 15a Abs. 1 UStG der Fall, wenn früher der Umsatzs­chlüssel angewandt wurde.